Estudia en Sevilla, donde a la edad de catorce años escribe un Discurso del valor y correspondencia de las antiguas monedas castellanas con las nuevas. Por un soneto que escribe se sabe que Alonso García Matamoros, Cristóbal Valdotano y Pedro Mexía fueron sus primeros maestros. Con diecinueve años se matricula en la universidad sevillana en un curso de artes. Por entonces, en la ciudad del Guadalquivir florecía el erasmismo y el protestantismo español daba sus frutos a través de los sermones de Juan Gil y Constantino Ponce de la Fuente. Con esos conocimientos y vivencias, se traslada a Alcalá de Henares en cuya universidad (1550) y en sus destacados saberes hebraicos se matricula, impartidos por los antiguos maestros del Colegio Trilingüe. Cipriano de la Huerga, monje cisterciense, Andrés de la Cuesta y Luis de la Cadena le enseñan su método de estudio bíblico, consistente en un constante apoyarse en el texto hebreo y su confrontación con la Vulgata para revisarla y corregirla a la luz de la erudición humanística y la exégesis filológica. Será cursando sus estudios en la universidad cisneriana cuando conozca al también alumno fray Luis de León, cuya sincera amistad le acompañará toda la vida. Son por entonces los últimos años del reinado de Carlos V recorridos en el plano del pensamiento por los planteamientos erasmistas de la philosophia Christi.